Bilaga 1. Specifikation för överföring av HPV-testresultat. Version 9 (150616)
1. Dokumenthistorik
Version 1 (081219): Första version
Version 2 (091209): Tillägg av <regdat>
Version 3 (100617): Ändrat i xml-strukturen, lagt till kapitel om dokumenthistorik
Version 4 (110617): Uppdaterat med koder för virologlab och cytologlab. Utökad
resultatkoder med AH = Annan högrisk än 16/18.
Version 5 (120118): Lagt till variabel för remissid från cytlab. Specificerat HSA-Id för
provtagarenhet.
Version 6 (120330): Lagt till att posttyp och enhetsinformation skall levereras
Version 7 (130201): Lagt till att hpvresultattxt skall skickas
Version 8 (130325): Lagt till, K = Formalin-fixerat, paraffin-inbäddat material
L = Genitalt sekret, för provtyp.
Version 9 (150616): Lagt till hpvtest VF och VG.
2. Bakgrund
HPV-testning införs som del i landstingdrivna screeningprogram mot cervixcancer och effekten och följsamhet till riktlinjer och vårdprogram behöver fortlöpande utvärderas. Det finns också stort behov av att inom ramen för definierade program följa det epidemiologiska läget för HPV-infektioner i landet, inte minst som uppföljning av HPV-vaccination på populationsnivå.
Det finns ett uttalat och starkt behov av gemensam standard för att generera och rapportera data kring HPV-testning, detta är närmast en förutsättning för mer generella analyser, men kan också underlätta det lokala/regionala arbetet. Denna specifikation syftar till att upprätta en sådan standard så att datatolkning över laboratoriergränser ska vara möjlig.
Standarden utgår från att en datafil skapas vid de laboratorier som utför HPV-diagnostik. Denna fil kan sedan överföras till andra databaser. Det kan röra sig om lokala databaser i vid cytologi/patologilaboratorier där en integration för kliniskt bruk av HPV-data med cytologi-patologidata kan komma att ske. Dataleveranser kommer också att ske till mer övergripande regionala och nationella register.
3. Inledning
3.1 Om specifikationen
Specifikationen är utarbetad för att stödja de laboratorier som elektroniskt rapporterar resultat av HPV-test.
Specifikationen är avsedd för personal som arbetar med laboratoriernas IT-system.
3.2 Krav på det enskilda laboratoriet
Varje enskilt laboratorium ansvarar för att det etableras rutiner som säkerställer att data leveras på ett korrekt sätt.
4. Överföringsrutiner
Leverans av data sker via ftp/web/cd.
-
- Laboratorierna registrerar HPV-testerna i sitt eget IT-system
- Data överförs till mottagarregistret med tidsintervall enligt överenskommelse mellan leverantör och mottagare.
- Någon generell säkerhetsnivå (krypteringskrav etc) för leverans anges inte här utan detta får beslutas av leverantör och mottagare.
- Registeransvarig hos mottagare ansvarar för att data läggs in korrekt i databasen.
- Leveranser bör kvitteras
Vilka HPV-resultat skall överföras
Vanligen ska resultat från alla prover från cervix, vulva och vagina överföras. Detta gäller oavsett patientens ålder eller orsak till att testet är taget. I vissa sammanhang kan även leverans av provdata från andra lokaler bli aktuellt. Denna specifikation är utformad för att även täcka de behoven.
Ytterligare information om leverans
Leveranserna skall innehålla de poster som är nya eller uppdaterade sedan senaste leverans.
För en post som uppdateras skall all information levereras, inte bara den uppdaterade informationen. I mottagande system kommer då den ej uppdaterade posten först att raderas och sedan kommer den nya posten att läsas in.
Information om att poster har raderats ur labsystemen måste komma till mottagande system. Detta görs genom att det finns ett fält(posttyp), som sätts till R om posten skall raderas. Då behövs ingen ytterligare information än fälten provid och virologlab levereras.
Provtagningsenhet, är enheten/kliniken där provet togs.
Om provet är ”beställt” från cytologlab/cytologavdelning så skall detta anges med kod i fältet labkod, koderna är specificerade i slutet av detta dokument. Har provet inte kommit från cytologlab till virologlab, så måste uppgiften om provtagningsenhet levereras. I detta fall lämnas då fältet för cytologlab och cytologlabbets remissid blanka. I detta fall skall även information i fältet för enhetsinformation lämnas.
5. Filformat
5.1 Översikt
Eftersom det finns olika IT-system på laboratorierna behövs ett filformat som kan användas i de flesta system.
Vi har valt att göra det möjligt att använda antingen xml-format eller semikolonavgränsad text på filer som levereras.
XML formatet är att föredra då det är ett bra sätt att beskriva data på, det är operativsystemoberoende, välstrukturerat, välanvänt, finns ett flertal verktyg för att läsa och skriva xml-filer, kan läsas och skrivas med en vanlig texteditor (då en xml-fil i grunden är en vanlig textfil). En ytterligare fördel är att om en variabel saknar värde kan taggen för variabeln utelämnas utan att det blir problem med inläsningen.
Den semikolonavgränsade textfilen är ett alternativ för de som inte har möjlighet att använda xml-format.
5.2 Filnamn
Namnet på filen som sänds in skall bestå av en labspecifik del (identitet) för det insändande laboratoriet och ett löpnummer, enligt följande: <Labidentitet><Löpnummer>.xml (fil i xml-format) eller <Labidentitet><Löpnummer>.txt (semikolonseparerad fil).
5.3 Filstruktur
5.3.1 XML-format
XML-filen som levereras består av poster, som omges av taggar.
Filen har en start-tagg enligt följande: <?xml version=”1.0” encoding=”iso-8859-1”?>
Data i filen har root-taggen <hpvposter></ hpvposter>.
Varje post omges av taggen <post></post>, och varje variabel i sin tur har en tagg med bestämt namn. Se exempel på xml-fil nedan.
Posterna innehåller följande:
5.3.2 Exempel på XML-fil

5.3.3 Semikolonseparerad fil
Filen som levereras består av poster (HPV-prover). Varje post innehåller ett bestämt antal fält(variabler) som måste komma i den ordning som redovisas i tabellen nedan. Inget fält får uteslutas då det medför att inläsning kommer att bli felaktig. Varje post avslutas med CR/LF-par, och hela filen avslutas med filslutstecken (EOF).
5.3.4 Två exempel på poster i semikolonseparerad-fil
191212121111;P;Efternamn, Förnamn;20080101; 20080102;SE2321000131-E000000007241;20080105;01;;AAA1234BBB; 2010T12345;VA;B;A;L,6,11; HPV typ L, 6, 11
191212122222;P;Förnamn Efternamn;20071218; 20071219;SE2321000131-E000000000933
;20080102;01;;AAA1234CCC; 2010T12332;VB;C;E;N; BMM Kungsgatan, Kungsgatan 1, Göteborg
6. Kodtabeller
6.1 Virologlab
Kod |
Laboratorium |
BO |
Borås klinisk mikrobiologi |
ES |
Eskilstuna/Capio Diagnostik |
FA |
Falun klinisk mikrobiologi |
GA |
Gävle klinisk mikrobiologi |
GB |
Göteborg Sahlgrenska klinisk mikrobiologi |
HA |
Halmstad klinisk mikrobiologi |
HU |
Huddinge KS, klinisk mikrobiologi |
JO |
Jönköping klinisk mikrobiologi |
KA |
Kalmar klinisk mikrobiologi |
KK |
Karlskrona klinisk mikrobiologi |
KD |
Karlstad klinisk mikrobiologi |
LI |
Linköping klinisk mikrobiologi |
LU |
Lund, SUS Klinisk mikrobiologi |
MA |
Malmö, SUS klinisk mikrobiologi, virologi |
SK |
Skövde klinisk mikrobiologi |
SM |
Smittskyddsinstitutet |
SO |
Solna KS, klinisk mikrobiologi |
ST |
Stockholm St.Göran mikrobiologiska laboratoriet |
SB |
Sunderby klinisk mikrobiologi |
SU |
Sundsvall klinisk mikrobiologi |
AL |
Täby Aleris Medilab |
TR |
Trollhättan klinisk mikrobiologi |
UD |
Uddevalla klinisk mikrobiologi |
UM |
Umeå klinisk bakteriologi, virologi |
UP |
Uppsala klinisk mikrobiologi |
VA |
Västerås klinisk mikrobiologi |
VX |
Växjö klinisk mikrobiologi |
VI |
Visby klinisk mikrobiologi |
OR |
Örebro klinisk mikrobiologi |
OS |
Östersund klinisk mikrobiologi |
6.2 Koder för cytologiavdelningar enligt SOSFS2006:15
Kod |
Laboratorium |
017 |
Cytologiavdelning, Karolinska Universitetssjukhuset, Solna |
031 |
Patologi- och cytologiavdelning, Danderyds sjukhus, Stockholm |
051 |
Patologi- och cytologiavdelning, Capio Diagnostik AB, Stockholm |
081 |
Patologi- och cytologiavdelning, Karolinska Universitetssjukhuset, Huddinge |
851 |
Patologiavdelning, Medilab Kliniska Laboratorier AB, Täby |
857 |
Cytologiavdelning, Medilab Kliniska Laboratorier AB, Täby |
127 |
Cytologiavdelning, Akademiska sjukhuset, Uppsala |
137 |
Cytologiavdelning, Mälarsjukhuset, Eskilstuna |
547 |
Cytologiavdelning, Centralsjukhuset, Karlstad |
557 |
Cytologiavdelning, Universitetssjukhuset, Örebro |
567 |
Cytologiavdelning, Centrallasarettet, Västerås |
577 |
Cytologiavdelning, Falu lasarett, Falun |
617 |
Cytologiavdelning, Länssjukhuset, Gävle |
217 |
Cytologiavdelning, Universitetssjukhuset, Linköping |
227 |
Cytologiavdelning, Vrinnevisjukhuset, Norrköping |
237 |
Cytologiavdelning, Länssjukhuset Ryhov, Jönköping |
257 |
Cytologiavdelning, Länssjukhuset, Kalmar |
247 |
Cytologiavdelning, Centrallasarettet, Växjö |
277 |
Cytologiavdelning Blekingesjukhuset, Karlskrona |
287 |
Cytologiavdelning, Centralsjukhuset, Kristianstad |
307 |
Cytologiavdelning, Universitetssjukhuset, Malmö |
417 |
Cytologiavdelning, Universitetssjukhuset, Lund |
427 |
Cytologiavdelning, Länssjukhuset, Halmstad |
437 |
Cytologiavdelning, Helsingborgs lasarett AB, Helsingborg |
847 |
Cytologiavdelning, Medilab, Malmö |
507 |
Cytologiavdelning, SU/Sahlgrenska, Göteborg |
517 |
Cytologiavdelning, Norra Älvsborgs Länssjukhus,Vänersborg/ Trollhättan |
527 |
Cytologiavdelning, Södra Älvsborgs sjukhus, Borås |
537 |
Cytologiavdelning, Kärnsjukhuset i Skövde, Skövde |
627 |
Cytologiavdelning, Sundsvalls sjukhus, Sundsvall |
637 |
Cytologiavdelning, Östersunds sjukhus, Östersund |
647 |
Cytologiavdelning, Norrlands universitetssjukhus, Umeå |
657 |
Cytologiavdelning, Sunderby sjukhus, Luleå |